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Carandiru ist ein berüchtigtes Gefängnis im brasilianischen São Paulo, das mit 8000 Insassen auf einem für 4000 Menschen geplanten Platz deutlich überbelegt ist. In den beengten Verhältnissen, die sich der Ordnungsmacht weitgehend einer Kontrolle entziehen, hat sich ein eigenes Sozialsystem ausgebildet. Basierend auf den Erlebnissen des brasilianischen Arztes Drauzio Varella, der in den 1990er Jahren in Carandiru arbeitete, entwirft Hector Babenco ein episodisches Gefängnisdrama. Varella (Luiz Carlos Vasconcelos) sucht Carandiru auf, um die Gefangenen über AIDS aufzuklären, das sich zu einer gefährlichen Seuche unter den Insassen zu entwickeln droht. Dabei lernt er zahlreiche Knastbrüder kennen, die ihm auch ihre Hintergründe offenbaren. In Rückblenden schildert der Film einige ihrer Geschichten und porträtiert das komplexe System aus sozialen Regeln, das Carandiru prägt.
